Tři komplexní onkologická centra v Brně se organizačně propojila. Od počátku roku 2009 tak došlo v Brně ke změně organizace poskytování vysoce specializované onkologické péče. Z Komplexních onkologických center Fakultní nemocnice Brno, Fakultní nemocnice u svaté Anny a Masarykova onkologického ústavu (MOÚ) vzniklo jedno s názvem Komplexní onkologické centrum Masarykova onkologického ústavu ve spolupráci s Fakultní nemocnicí Brno (FN Brno) a Fakultní nemocnicí u svaté Anny (FN u svaté Anny).
Ve FN Brno je sice přes dvě stě lůžek obsazeno onkologickými pacienty – např. na plicní, urologické, gynekologické nebo chirurgické klinice, chybí zde ale moderní ozařovací technika, především lineární urychlovače. FN u svaté Anny ozařovací přístroje má, ale jsou tu nedostatečné další onkologické kapacity. Tato nemocnice se bude v oblasti onkologické léčby zaměřovat především na onkochirurgii. Sloučit v Brně specializovanou onkologickou péči pod jedno centrum bylo zadání, které dostal od ministerstva zdravotnictví v červnu 2008 při svém jmenování nový ředitel MOÚ v Brně Jiří Vorlíček.
V průběhu 4. čtvrtletí minulého roku vznikla písemná dohoda mezi řediteli MOÚ a FN Brno a mezi MOÚ a FN u svaté Anny o převzetí činností v oblasti péče o pacienty se solidními nádory. Konkrétně se jednalo o Oddělení klinické onkologie primáře Igora Kisse (OKO) a Oddělení radiační onkologie v Porodnici na Obilním trhu primářky Renaty Neumanové ve FN Brno a Oddělení klinické a radiační onkologie primáře Otakara Bednaříka ve FN u svaté Anny. Toto sloučení se netýká dětské onkologie, hematoonkologie, onkologické urologie a gynekologie, plicní onkologie a onkologické chirurgie. Polovina lůžek z OKO přešla k 1. lednu do Masarykova onkologického ústavu, včetně ambulancí, chemostacionáře a personálu.
Ve FN u svaté Anny bylo vytvořeno detašované pracoviště, které organizačně spadá pod Kliniku radiační onkologie prof. Pavla Šlampy. Klinická část oddělení byla řešena podobným způsobem jako pracoviště ve FN Brno – polovina lůžkového fondu – 9 lůžek přechází společně s částí ambulancí do MOÚ. Ambulance a stacionář pracují pod Klinikou komplexní onkologické péče prof. Rostislava Vyzuly ve stávajících prostorách. Převodem lůžek a některých ambulancí přímo do areálu MOÚ dochází ke vzniku 4. oddělení Kliniky komplexní onkologické péče.