Dne 28. ledna 1919 přijalo Národní shromáždění zákon o zřízení Masarykovy univerzity jako druhé české univerzity. Výuka byla v plném rozsahu zahájena ve školním roce 1921-1922 v adaptovaných pavilonech bývalého chudobince. Po celou dobu existence Přírodovědecké fakulty bylo její umístění považováno za provizorní. Proto se v případě nutnosti sahalo jen k nejnutnějším opravám, které zajišťovaly základní funkce, nikoliv však důstojné a odpovídající prostředí. Tomuto přístupu pak odpovídá i současný stav budov - promáčené a plesnivé sklepy, elektrické rozvody, které nezajišťují dostatečnou stabilitu elektrického napětí, prostředí, které z hlediska čistoty nevyhovuje náročným podmínkám moderního výzkumu, nemá odpovídající sociální zázemí atd. Potřeby dalšího růstu pak byly uspokojovány "dočasným" umisťováním jednotlivých pracovišť mimo hlavní areál fakulty na Kotlářské ulici.
V současné době se mimo tento areál nacházejí významná pracoviště fakulty, jako jsou celá Matematická sekce (Janáčkovo náměstí 2a), Ústav fyziky Země (Tvrdého 12), Česká sbírka mikroorganismů (Tvrdého 14), Výzkumné centrum pro chemii životního prostředí a ekotoxikologii (Kamenice 3), Geografický ústav (Žerotínovo náměstí 9) a Katedra antropologie (Vinařská 5).
Po osmdesáti letech provizorního umístění PřF MU v areálu na Kotlářské se na prahu nového tisíciletí fakulta dočkala principiálního řešení dlouhodobě neuspokojivé prostorové situace. Po důkladném zvážení všech variant bylo rozhodnuto, že pro potřeby pracovišť soustředěných v rámci Chemické a Biologické sekce budou vybudovány prostory v rámci nově vznikajícího kampusu v Brně-Bohunicích. Důvodem pro tuto volbu byla potřeba odpovídajících prostor pro náročné moderní technologie a možnost perspektivního úzkého propojení se sesterskými pracovišti Lékařské fakulty MU.
Dosavadní areál na Kotlářské ulici zůstává zachován pro všechna ostatní pracoviště PřF MU. Původně se počítalo s tím, že bude nejprve postaven kampus v Brně-Bohunicích a po jeho dokončení do něj budou umístěna pracoviště Chemické a Biologické sekce. Následovat měla rekonstrukce areálu na Kotlářské s postupným soustřeďováním ostatních pracovišť fakulty. Časové podmínky čerpání prostředků ze státního rozpočtu, potažmo úvěru Evropské investiční banky, však tuto optimální variantu neumožňují, a tak je nutné celý program rozvoje realizovat jako souběžnou výstavbu nového kampusu a rekonstrukci areálu na Kotlářské. Podrobnější informace o současném stavu rozvojového programu a jeho financování jsou uvedeny v prvním čísle tohoto měsíčníku (muni.cz, 2005/1, http://info.muni.cz).
Rekonstrukce areálu probíhá za plného provozu fakulty, na které studuje téměř tři tisíce studentů, a při plnění náročných výzkumných úkolů - PřF tvoří téměř 50 % vědeckého výkonu MU. Akce je náročná na koordinaci jednotlivých činností a vyžaduje také nesmírné úsilí a obětavost učitelů, studentů i všech zaměstnanců. Cykly jednotlivých etap jsou v zásadě soustřeďovány do prázdnin a zkouškových období tak, aby docházelo k co nejmenšímu narušení práce během semestrů.
Na podzim roku 2003 začala jako první rekonstrukce dvou pavilonů Ústavu geologických věd. Začátku rekonstrukce předcházelo provizorní přestěhování pracoviště do pronajatých prostor FEKT VUT v Brně na Údolní ulici. V krátkém čase šesti měsíců se podařilo obě budovy plně zrekonstruovat. Jejich tehdejší stav vzbuzoval oprávněné obavy, zda má taková rekonstrukce vůbec smysl a zda je možné budovy zrekonstruovat tak, aby byla splněna současná kritéria na pracovní prostředí a výukové prostory. Jednoleté zkušenosti s reálným provozem budov obavy rozptýlily. Vznikly prostory vybavené komunikačními technologiemi, posluchárny standardně vybavené moderní výukovou a prezentační technikou, prostory umožňující bezbariérový přístup do všech částí budovy. K tomu samozřejmě patří i odpovídající sociální zázemí, orientační systém a zabezpečení.
V prosinci 2004 byl na fakultě dokončen nový provoz odpadového hospodářství, které umožňuje efektivně shromažďovat a likvidovat odpad bez viditelného rušení vlastního provozu fakulty.
Z celkového hlediska prošla fakulta v posledních několika měsících svým nejhorším obdobím. Souběžně probíhaly zemní práce velkého rozsahu - hloubení základů nového Informačního centra - a celková rekonstrukce inženýrských sítí. V současné době je tato etapa, která přinesla zaměstnancům i studentům velké množství bláta, nečistoty a nepohodlí, dokončena a je završena provizorním předlážděním dotčených ploch.
Od letošního roku se bude situace na fakultě postupně zlepšovat. Před dokončením rekonstrukce je budova děkanátu, který bude od května 2005 znovu působit v areálu fakulty na Kotlářské (od podzimu 2004 byl celý děkanát přemístěn do pronajatých prostor FEKT VUT).
Do začátku zimního semestru 2005/6 bude dokončena stavba nového Informačního centra, které bude poskytovat učitelům i studentům komplexní moderní informační služby - přímý přístup ke knihovním a časopiseckým fondům, elektronickou výpůjční službu, moderní studovnu, dostatečný přístup k elektronickým službám informačního systému a elektronickým informačním zdrojům. Součástí rekonstrukce IC je také opětovné otevření největší posluchárny v areálu fakulty - auly a nové zázemí pro jazykovou výuku. Ve stejné době bude dokončena rekonstrukce pavilonu sekce fyziky. Tím bude uvolněn dosavadní provizorní prostor v areálu bývalých řečkovických kasáren. Ten začnou postupně obsazovat jednotlivá pracoviště Biologické sekce tak, aby mohla být začátkem roku 2006 zahájena rekonstrukce dalších dvou budov v areálu.
Jako významnou událost očekává fakulta dokončení prvních pavilonů nového kampusu v Brně-Bohunicích, které jsou označovány jako ILBIT (Integrované laboratoře biomedicínských technologií). Ve dvou pavilonech tohoto centra soustřeďuje fakulta špičkové technologie pracovišť Národního centra pro výzkum biomolekul a Laboratoře funkční genomiky a proteomiky. Zároveň bude těchto pavilonů využito k přechodnému umístění Katedry biochemie.
Poslední etapa rekonstrukce dvou pavilonů fakulty v areálu Kotlářská, které jsou v současné době obsazeny pracovišti Chemické sekce, bude závislá na postupu výstavby nového kampusu v Brně-Bohunicích. Chemické provozy jsou natolik náročné, že vlastní laboratoře chemie není možné umístit do náhradních prostor.
Organizace rekonstrukcí a nové výstavby vyžaduje mimořádné nasazení od všech pracovníků fakulty. V rámci fakulty jsou realizovány úspěšné domácí i mezinárodní výzkumné programy, probíhá náročná a velmi rozsáhlá laboratorní a experimentální výuka. To vše zajišťují pracovníci v nevyhovujících podmínkách, které se v průběhu rekonstrukce ještě výrazně zhoršily. První dokončené rekonstrukce ukazují, že odměnou bude pracovní prostředí, které fakultě v dalším období zajistí důstojné podmínky, srovnatelné s nejlepšími vysokými školami v zahraničí.
Rozvojový program na Přírodovědecké fakultě nevede ke zvětšení obsazených prostor. Prověrka ukázala, že v současné době disponuje fakulta pro zajištění všech svých funkcí prostorem větším, než bude mít k dispozici po dokončení programu rekonstrukce a výstavby. To dokládá, že se nejedná o program přemrštěný či soustředěný na extenzivní rozvoj. Naopak, soustředění pracovišť a jejich optimální propojení umožňuje efektivnější využití prostor a efektivnější vynakládání provozních prostředků.