Nejvyšší dotace ze všech vysokých škol a univerzit v České republice získala Masarykova univerzita z evropského operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost (stav k 15. 12. 2009). Během prvního roku, kdy mohly české vzdělávací a výzkumné instituce čerpat peníze z tohoto programu, uspěla Masarykova univerzita se čtyřiačtyřiceti projekty, na které dostala více než 516 milionů korun. Nejvíce peněz připadne přírodovědecké fakultě, která obdrží na svých sedm schválených projektů téměř devadesát milionů korun.
První výzvy k předkládání projektových žádostí o finanční dotace začalo vyhlašovat ministerstvo školství spolu s jednotlivými kraji na jaře 2008.
Zdrojem financí je Evropský sociální fond, řídícím orgánem ministerstvo školství. Celkem byly pro tento program uvolněny více než dvě miliardy eur. Na Česko připadá přes milion eur. Prostředky jsou určené na období let 2007–2013.