Řízení Masarykovy univerzity se od 1. září ujalo nové vedení v čele s rektorem Mikulášem Bekem, který ve funkci vystřídal rektora Petra Fialu, jemuž 31. srpna 2011 skončilo již druhé funkční období. V nejužším vedení bude pracovat celkem šest prorektorů, což je stejný počet jako dosud, kvestor a kancléřka.
„Sestavil jsem svůj tým s ohledem na řešení klíčových úkolů, které před univerzitu v nadcházejícím období stojí. Při zachování počtu šesti prorektorů jsem se rozhodl posílit personálně agendy související s výzkumnou orientací univerzity a řešením ekonomických otázek,“ uvedl rektor Bek. Šestice prorektorů, mezi něž rektor Bek rozdělil v souladu vnitřními předpisy univerzity část svých kompetencí, bude jmenována až po projednání s Akademickým senátem MU 19. září 2011.
Vedení Masarykovy univerzity neopustí dosavadní rektor Fiala, který bude nově prorektorem pro akademické záležitosti a bude tak mít na starosti akademické kvalifikace, doktorské studium a kvalitu akademických činností.
Ve funkci prorektorky zůstane Ivana Černá z fakulty informatiky, která se až dosud starala o informační technologie. Nyní jí bude svěřena vzdělávací činnost univerzity. Z prorektorů z předchozího vedení bude pokračovat také Jiří Němec z pedagogické fakulty, který bude prorektorem pro záležitosti studentů.
Funkce prorektorů budou zastávat i dvě osobnosti, které ve volbách na funkci rektora kandidovaly proti vítězi. Prorektorem pro výzkum bude proděkan z lékařské fakulty Petr Dvořák a prorektorem pro ekonomiku dosavadní kvestor Ladislav Janíček. Transfer technologií, strategické infrastrukturní projekty a kontrahovaný výzkum budou spadat do kompetence prorektora pro rozvoj, jímž se nově stane předseda akademického senátu lékařské fakulty Martin Bareš.
Kvestorem, který řídí hospodaření a vnitřní správu univerzity, je od začátku září Jan Vitula. Vystřídal Janíčka, jenž se začal věnovat akademické činnosti a již na jaře požádal o uvolnění z funkce. Kancléřkou školy zůstává Iva Zlatušková.