Výstavba AVVA navazuje na úvodní stavbu kampusu, kterou jsou v říjnu 2005 slavnostně otevřené Integrované laboratoře biomedicínských technologií (ILBIT). V rámci Modré etapy vyroste šest pavilonů, v nichž budou umístěna pracoviště Lékařské fakulty (část Biologického ústavu, Biochemický ústav a Ústav patologické fyziologie) a Přírodovědecké fakulty (katedry biochemie, organické chemie, anorganické chemie a společné výukové laboratoře), dále pak Informační centrum s knihovnou, posluchárnami a počítačovou studovnou, jež by v budoucnu měli využívat i studenti Fakulty sportovních studií. Součástí bude i nezbytné technické zázemí (vrátnice, energetické centrum) a speciální chovný pavilon. Celkově zde vzniknou pracoviště pro zhruba 160 zaměstnanců a výukové prostory pro více než 1400 studentů. Čistá užitná plocha Modré etapy bude cca čtrnáct tisíc čtverečních metrů a celkové náklady na realizaci této etapy dosahují 1,261 miliardy korun (včetně DPH). Stavba by měla být dokončena v létě roku 2007, přičemž s běžným provozem se zde počítá od akademického roku 2007/08.
„Byla to právě Modrá etapa, na kterou jsem musel zhruba před rokem zrušit již vypsanou soutěž. Jednalo se o jedno z nejtěžších a nejriskantnějších rozhodnutí v mé současné funkci. Jak se však později ukázalo, bylo to pro osud kampusu důležité rozhodnutí, neboť se stalo katalyzátorem hledání řešení,“ připomněl při této příležitosti rektor Masarykovy univerzity Petr Fiala složité období, během něhož musela univerzita řešit finanční situaci projektu, zkomplikovanou zvýšením DPH a cen ve stavebnictví. Po sérii jednání se zástupci ministerstva financí a ministerstva školství schválila česká vláda 20. července loňského roku revizi projektu a s ní i navýšení jeho rozpočtu o 1,2 miliard korun. „Jsem přesvědčen, že nyní jsou splněny všechny podmínky pro to, abychom dokončili nejenom Modrou etapu, ale i celou výstavbu kampusu,“ uvedl rektor Petr Fiala.
Současně s Modrou etapou je realizována i Červená etapa, která bude probíhat paralelně s ostatními etapami a při níž bude vybudována kompletní infrastruktura kampusu. Náklady na Červenou etapu dosahují výše 340 milionů korun, z toho 300 milionů činí příspěvek města Brna. „Z pohledu ministerstva školství je výstavba kampusu Masarykovy univerzity významnou zkušeností, a to zvláště s ohledem na unikátní způsob financování, který v rámci našeho resortu dosud nikdy nebyl realizován,“ uvedla na slavnostním ceremoniálu ministryně školství Petra Buzková. Výstavba univerzitního kampusu v Brně-Bohunicích je součástí Programu rozvoje Masarykovy univerzity financovaného zčásti ze státního rozpočtu, zčásti z úvěru Evropské investiční banky, ale také z vlastních zdrojů univerzity. Svými náklady, které činí 5,1 miliardy korun, i svou rozlohou 50 hektarů, se kampus řadí mezi největší stavební projekty v současnosti realizované v České republice. Jeho dokončení je plánováno na září roku 2008.