Na základě novely zákona č. 111/1998 Sb. (zákon o vysokých školách), která vstoupila v platnost 1. ledna 2006, vypouští Masarykova univerzita ze svého názvu jméno sídelního města Brna. Vrací se tak ke svému historickému pojmenování, se kterým byla v roce 1919 založena. „Zákon o zřízení naší univerzity z roku 1919 stanovil název Masarykova univerzita a toto označení bylo také obnoveno zákonem z února 1990. Teprve příloha zákona o vysokých školách z roku 1998 uváděla název Masarykova univerzita v Brně, který vznikl v podstatě omylem a neodpovídal historické tradici. Proto jsem při přípravě novely zákona o vysokých školách požádal zákonodárce o napravení tohoto stavu,“ uvedl v této souvislosti rektor Masarykovy univerzity Petr Fiala, který se zasadil o změnu názvu společně s emeritním rektorem a senátorem Jiřím Zlatuškou.