Podmínky provozu a výuky na Masarykově univerzitě se řídí nejen žlutým eskalačním semaforem, ale především aktuálními vládními opatřeními. Veřejnost má, až na výjimky, omezený vstup budov univerzity.
V souladu s platnou legislativou platí povinnost nosit ochranné prostředky dýchacích cest ve všech vnitřních prostorách univerzity.
Také výuka probíhá v souladu s opatřeními vlády. Přednášky, kterých se účastní více než 150 osob, se konají distanční, případně hybridní formou. Děkan fakulty rozhoduje o povinnosti studentů prokazovat se pro účast na prezenční výuce systémem O-N-T (Očkování – Nemoc – Test), evidenci najdou studenti v Informačním systému MU. V případě, že tato povinnost vyžadována není, je nutné ve výuce zajistit rozestupy minimálně 1,5 metru s výjimkou výuky, jejíž charakter to neumožňuje. Studenti, kteří O-N-T neprokáží, musí mít zajištěn distanční přístup ke vzdělání.
S rozestupy 1,5 metru a s ochranou dýchacích cest je možné skládat zkoušky prezenčně, toto nařízení platí i pro další formy ukončení předmětu.
Knihovny jsou pro veřejnost uzavřeny. Masarykova univerzita doporučuje využít systému distanční výpůjčky, podle rozhodnutí vedení jednotlivých fakult a za dodržení platné legislativy mohou být umožněny i prezenční výpůjčky.
Návštěvníci počítačových učeben mají za povinnost prokazovat se u vstupu pomocí systému O-N-T, návštěvníci a sportovišť, vnitřních i vnějších, se prokazují systémem O-N. Provoz těchto učeben a sportovišť se řídí platnou legislativou, stejně tak jako provoz v menzách a na kolejích.
Univerzita ruší akce nesouvisející s její hlavní činností, například oslavy a ceremonie. Pořádání akcí souvisejících s její hlavní činností, konference, semináře, symposia, upravují omezení pro vstup v počtu osob a v kontrole O-N, která popisuje žlutý semafor. Konání promocí ani imatrikulací není doporučené.
Masarykova univerzita o připravovaných opatřeních informovala již s předstihem tak, aby se studenti a zaměstnanci MU mohli na změny připravit. Aktuálně opatření MU upravila v souladu s opatřeními vlády.