Do roku 1994 se informatika na Masarykově univerzitě vyučovala v rámci přírodovědecké fakulty, zájem o informatiku ale převyšoval její možnosti. První snahy o vznik fakulty se datují už od roku 1993, ale teprve o rok později bylo její zřízení schváleno Akademickým senátem Masarykovy univerzity. V prvních letech své existence sídlila fakulta v budově dnešního Nejvyššího soudu v Burešově ulici. Zakládajícím děkanem byl Jiří Zlatuška. Nová fakulta začínala skromně s necelými 400 studujícími a dvěma desítkami vyučujících.
Stěhování na Botanickou
Na začátku roku 1996 se fakulta stěhovala na současnou adresu v ulici Botanická z budovy v Burešově ulici, kterou získal Nejvyšší soud ČR.
První představení proFIdivadla
Při fakultě funguje divadelní spolek proFIdivadlo. První hrou studentského divadelního souboru se stala v roce 1998 improvizační groteska na téma Červené karkulky s názvem Lambda Kalkulka. Od roku 2006 působí divadlo v rámci celouniverzitně volitelného předmětu Divadelní hra.
Informační systém
Od založení univerzity studující používali papírové indexy, které až na přelomu tisíciletí nahradil Informační systém MU. Od počátku byl vyvíjen právě na fakultě informatiky. MUNI díky ISu jako první univerzita v České republice umožnila elektronické přihlašování ke studiu. Systém byl oceněný několika prestižními cenami, univerzita jej nabídla dalším vysokým školám.
Systém pro odhalování plagiátů
Na MUNI byla otázka systematického boje proti plagiátům poprvé ve větší míře diskutována před rokem 2004, kdy došlo k plošnému zveřejnění plných textů závěrečných prací v rámci Informačního systému MU. Ukázalo se praktické vytvořit vlastní systém, k čemuž došlo v roce 2006. Nejprve se systém stal součástí IS MU, postupně se ale rozšířil i na ostatní školy, zejména v rámci portálů Theses.cz a Odevzdej.cz.
Dostavba fakulty
Na podzim 2012 začala dostavba fakulty. Původní čelní budova ustoupila stavbě nových prostor pro výuku a výzkum, které se staly součástí nového Centra vzdělávání, výzkumu a inovací v informatice (CERIT). Nová budova s laboratořemi, výpočetními sály, posluchárnami a knihovnou se studujícím otevřela v září 2014. V současné době, při stále rostoucím zájmu o studium, poskytuje fakulta informatické vzdělání na všech stupních vysokoškolského studia dvěma tisícům studujících v češtině i v angličtině. Kromě kvalitní výuky je ve více než dvaceti laboratořích prováděn špičkový výzkum, často ve spolupráci s průmyslovými partnery fakulty či firmami sídlícími ve vědecko-technickém parku přímo v areálu fakulty.
Otevřená fakulta, Konference 30 let FI
Ve čtvrtek 28. listopadu uspořádala fakulta v rámci oslav výročí konferenci s názvem Otevřená fakulta. Její program tvořil nejen Den s průmyslovými partnery, ale i diskuse na téma Kam kráčíš, FI?, kterou zahájil děkan fakulty Jiří Barnat, a networkingová akce Svět absolventů a praxe. Také studující představili svoje aktivity: Veronika Burgerová Spolek přátel severské zvěře a 10 let informatických aktivit pro středoškoláky a Vojtěch Brůža tvorbu vzdělávacích aplikací pro virtuální realitu a Minecraft.
