Stipendium za vývoj nového vyhledávače i výzkum leukemie

Nejrůznějšími vědeckými výzvami se momentálně zabývají doktorandi, kteří za svou práci získali doplňková stipendia v soutěži pořádané Jihomoravským centrem pro mezinárodní mobilitu. Čtyři z nich představují svoji vědeckou práci podrobněji.

Petra Budíková,
fakulta informatiky
Pod vedením profesora Zezuly řeším spolu s kolegy projekt zaměřený na vyhledávání v multimediálních datech. Specializujeme se hlavně na obrázky. Pro lepší představu: jde o něco podobného, jako je vyhledávač Google. Oba přístupy se však liší v tom, že zatímco Google funguje na textech a i obrázky hledá podle textových popisků, náš systém MUFIN je určitým způsobem schopný popsat si obrázky pomocí barev nebo tvarů a jiných parametrů a vyhledává na jejich základě. To, o co se snažíme, je umožnit vyhledávat ve velmi obecných datech popsaných libovolnými vlastnostmi. Nyní jsme ve fázi, kdy funguje prototypové vyhledávání, které lze vyzkoušet na webu http://mufin.fi.muni.cz/imgsearch, a snažíme se vyhledávač dál vylepšovat. I když se podobnostnímu vyhledávání věnuje mnoho výzkumných týmů po celém světě, stále zůstává mnoho nevyřešených problémů, které se postupně snažíme odstranit.

Marek Mráz,
lékařská fakulta
Stipendium jsem získal pro pokračování studia významu microRNA u leukemií a lymfomů. MicroRNA jsou nedávno objevenou skupinou RNA, které se účastní regulace stability a translace proteinů kódujících mRNA. Deregulace microRNA byla popsána u mnoha nádorových onemocnění. My se v laboratoři docentky Pospíšilové v Centru molekulární biologie a genové terapie věnujeme jejich úloze především u chronické lymfatické leukemie (CLL). Její podstatou je maligní proliferace a porucha odumírání B lymfocytů, přičemž příčinu těchto jevů zatím nikdo uspokojivě nevysvětlil.

V literatuře však již byla popsána významná úloha molekul microRNA v procesu patogeneze subtypu této leukemie se ztrátou části třináctého chromozomu. Toto onemocnění je nejčastější leukemií dospělého věku a vyznačuje se velmi variabilní prognózou, která se pohybuje od desítek měsíců po desítky let a vychází z rozdílné biologie jednotlivých subtypů. Nám se podařilo popsat aberantní expresi několika microRNA u pacientů s velmi agresivním onemocněním. Data byla publikována v časopisu Leukemia a poskytují nám náhled na možnou úlohu microRNA v patogenezi CLL s nepříznivou prognózou. V následujících letech se s kolegy zaměříme na úlohu microRNA ve vzniku rezistence na podávanou léčbu.

Klára Vlčková,
přírodovědecká fakulta
Ve Výzkumném centru pro chemii životního prostředí a ekotoxikologii se podílím na projektu, který se zabývá organickými látkami v půdě a jejich dostupností pro půdní organismy. Mám vybranou pětici organických polutantů a na modelovém organismu, jímž jsou žížaly, studuji, jaká část celkové koncentrace dané látky v půdě je dostupná pro modelový organismus v kontaminované půdě. Zpracovávám biologickou část projektu a kolegyně studuje dostupnost chemickými metodami. Jedním z výstupů by mělo být srovnání obou přístupů. Zabýváme se také porovnáváním reálných a uměle připravených půd, které jsou standardně používány v laboratorních testech. Stejnou problematiku jsem zkoumala už ve své diplomové práci, tento projekt na ni navazuje. Poznatky by měly přispět ke správnému hodnocení ekologických rizik, v budoucnu počítáme s rozšířením experimentu na reálně kontaminované půdy.

Tomáš Šolomek,
přírodovědecká fakulta
Cílem mé práce a mých kolegů je vývoj fotoaktivovatelných molekul pro biologii a chemii. Jde o vývoj nástrojů pro biology a biochemiky, kteří studují dynamické procesy v živých systémech, jako je například rychlost odezvy nervového vzruchu nebo transport bioaktivních látek v buňce. Při takovém výzkumu je nutné sledovaný proces nějakým způsobem spustit přesně v daném čase a místě. Je to podobné jako sprint na 100 metrů, jen vědci namísto výstřelu používají světlo (laser). Abychom ale něco mohli vůbec spustit, je nutné sledovaný proces nejdřív v podstatě zastavit. To děláme chemickou modifikací látky, která je zodpovědná za samotnou biochemii, nějakou světlocitlivou látkou. Spolu tedy vzniká naše fotoaktivovatelná molekula, která je neaktivní, dokud se nepotká se světlem, jež ji aktivuje odstraněním její světlocitlivé části. Já se pod vedením profesora Klána věnuji vývoji zmíněných světlocitlivých molekul. Zkoušíme odlišný přístup než jiná pracoviště, a proto je nutné vyvinout zcela novou metodiku, jak k podobným problémům přistupovat.