Prazáklad svatoanenské nemocnice vznikl v Královské zahradě se svrateckým náhonem, v níž roku 1312 založil Jan Lucemburský na přání manželky Elišky Přemyslovny klášter dominikánek. K němu byl později přistavěn kostel zasvěcený sv. Anně. Za obléhání Švédů v roce 1645 byl ale klášter vykraden a poničen.
Další rána přišla přímo od císaře Josefa II, který ho svým dekretem z roku 1782 zrušil. Po roce ale na místě nařídil zřídit špitál u sv. Anny se dvěma sály pro ženy a muže. Dne 2. ledna 1786 zde byl otevřen Císařsko-královský zaopatřovací ústav. Měl 6 oddělení – chirurgické, porodnici, nalezinec, sirotčinec a ústav pomatených. Postupně byly v zahradě přistavěny ještě dva dřevěné domky, jeden pro nemocné černými neštovicemi a druhý pro ty se vzteklinou.
Moravská šlechta ústav velmi štědře podporovala a podpora přicházela i od zemských a stavovských fondů a ze zabraných fondů zrušených klášterů. Nemocní navíc už tehdy za péči platili, a to dle toho, k jaké třídě patřili a jakou péči dostávali. Pacienti tzv. 1. třídy měli samostatný pokoj za poplatek 45 krejcarů denně, 2. třída byla na pokoji po dvou za 24 krejcarů denně atd. Nemocní ve 4. třídě za léčení neplatili.
Velká přestavba začala před 150 lety
Ze Zaopatřovacího ústavu se v roce 1863 vyvinul Zemský ústav a o několik let později bylo rozhodnuto o jeho přestavbě. Ta však vzhledem k podzemním prostorám, kanálům a sklepům nebyla realizovatelná a nakonec bylo rozhodnuto postavit moderní ústav v areálu bývalého kláštera u sv. Anny.
Nemocniční komplex vyprojektoval v novorenesančním stylu dánský architekt žijící ve Vídni Theophil Hansen, který navrhoval také Besední dům nebo Pražákův palác. Jeho socha se nachází v atriu dnešní fakultní nemocnice. Spolupracovali s ním také inženýři Přerovský a Vyhnal.
Nemocnice se rozvinula se vznikem Masarykovy univerzity
Dalšího velkého rozvoje se nemocnice dočkala až po první světové válce, kdy byla v Brně zákonem z 28. ledna 1919 zřízena Masarykova univerzita. Při všeobecné nemocnici tak začaly vznikat kliniky lékařské fakulty sloužící k výuce budoucích lékařů.
V roce 1936 měla nemocnice už 9 klinických a 12 zemských oddělení. Pracovalo zde 14 profesorů, 76 subalterních lékařů, 26 úředníků, 215 civilních sester, 101 řeholních sester, 6 ošetřovatelů, 28 řemeslníků, 37 zřízenců, 22 zaměstnanců prádelny, 70 myček a 22 zaměstnanců kuchyně.
Na přelomu 80. a 90. let se název změnil na Fakultní nemocnici u sv. Anny v Brně a tak je tomu až dodnes. Odehrála se pak řada dalších změn. Byla kompletně zrekonstruována Hansenova budova i kaple sv. Anny, podstavil se moderní stravovací provoz, vybudoval urgentní příjem a další zařízení.
Budoucnost je v klinickém výzkumu
Dnes se Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně začala měnit v léčebné a výzkumné centrum špičkové evropské úrovně. Její součástí se totiž stalo Mezinárodní centrum klinického výzkum (ICRC), které má zvýšit kvalitu lékařské péče zejména v oblastech léčby kardiovaskulárních a neurologických onemocnění.
Dnešní FNUSA má dohromady s Lékařskou fakultou Masarykovy univerzity na 30 klinik s téměř 1000 lůžky. Vzdělávají se zde budoucí lékaři, sestry, biomedicínští inženýři a odborníci dalších profesí.