Přišlo mi škoda utíkat v historické chvíli

Třiatřicetiletý Michal Kozubek z Fakulty informatiky se již v osmadvaceti letech stal docentem. Přišel s metodou zobrazování buněk a jejich částí pomocí speciální digitální kamery umístěné na výstupu optického mikroskopu. Tato metoda má pomoci v medicíně. Kozubek pobýval na několika akademických stážích v zahraničí. Vždy se však vrátil a zůstal věrný Masarykově univerzitě. Říká, že koníčků má sice hodně, ale volného času je čím dál míň. „Samozřejmě rád fotím, filmuji a zpracovávám pořízený materiál, což je profesionální deformace,“ usmívá se úspěšný mladý vědec, který tráví volné chvíle nejraději s rodinou.

Proč jste si vybral Masarykovu univerzitu?
Lákalo mě studium na nějaké známé univerzitě, ale školné a pobyt v zahraničí byly finančně neúnosné a tehdy bez možností stipendií. Zůstal jsem tedy při zemi a vybíral mezi Masarykovou a Karlovou univerzitou. Jelikož mi nabídka Masarykovy univerzity vyhovovala, rozhodl jsem se pro studium v místě bydliště, což bylo v té době již Brno.

Co vás lákalo na informatice?
Na základní a střední škole mě vždy nejvíce bavily matematika, informatika a fyzika. Kombinaci všech tří oblastí jsem nenašel, tak jsem si vybral kombinaci prvních dvou. Tehdy se obor Přírodovědecké fakulty jmenoval Matematická informatika. Fyziku, konkrétně optiku, jsem pak dostudoval až v rámci doktorského studia během stáže na Oxfordské univerzitě v akademickém roce 1995/96.

Měla pro vás tato stáž ze všech, které jste absolvoval, největší význam?
Ano. Měl jsem tam totiž možnost pracovat v jednom z nejznámějších týmů na světě, který se zabývá optickou mikroskopií. Jinak se ale domnívám, že každá zahraniční stáž člověka obohatí. Když vidíte, jak to funguje jinde, dostanete řadu nápadů, co zlepšit doma. Proto se snažím během svých pobytů v zahraničí domluvit i možnost výměnných pobytů pro doktorandy a diplomanty z Brna.
Čemu se na Fakultě informatiky věnujete?
Hlavní oblastí, kterou se zabývám ve výzkumu i výuce, je pořizování a zpracování digitálních obrazových dat. Je to oblast důležitá a velmi perspektivní, neboť pro většinu lidí je hlavním smyslem zrak a drtivou většinu informací vnímáme právě v obrazové podobě. Stejně tak většina přístrojů kolem nás zaznamenává či zpracovává dvou nebo trojrozměrné obrazy. Je to třeba ultrazvuk, počítačové rozpoznání identity podle otisku prstu či obrazu sítnice, digitální kamera nebo fotoaparát.

Vzrůstající vliv takovýchto zařízení se jistě promítl i do studia na FI.
S rostoucí poptávkou po odbornících na počítačové zpracování obrazu jsem se na fakultě snažil rozšiřovat výuku v dané oblasti. Začal jsem v roce 2000 základním přehledovým kurzem, na nějž navázaly další specializované předměty, které učím společně s kolegy a které vytvořily základ oboru Zpracování obrazu. Tento obor nabízí fakulta jako novinku.

Jiné univerzity tento obor nemají?
Obor s tak širokou nabídkou předmětů v oblasti zpracování obrazu budete na jiných univerzitách ve světě hledat těžko. Doufám proto, že nový obor přiláká do Brna i studenty ze zahraničí, zejména diplomanty a doktorandy.

Nyní pracujete v Centru analýzy biomedicínského obrazu na FI. Co je náplní vaší práce?
V diplomové práci jsem se zaměřil na obrazy buněk a jejich části pořízené speciální digitální kamerou umístěnou na výstupu optického mikroskopu. Jak kamera, tak mikroskop jsou plně řízeny počítačem pomocí vlastního softwaru. Nejprve jsem vymýšlel a programoval sám, po ukončení doktorského studia jsem postupně dal dohromady tým, který mi pomáhá. Snahou těchto lidí je optimalizovat kvalitu obrazu buněk získaného z optického mikroskopu a také automatizovat celý proces snímání a následného zpracování obrazové informace.

K čemu je to užitečné?
Kvalita obrazu je potřebná proto, abychom dokázali lépe zviditelnit struktury a procesy probíhající uvnitř buněk. Automatizace nám zase umožňuje pořídit a zpracovat velké množství obrazů, tedy zvýšit kvantitu potřebnou pro statisticky významné závěry. Celá automatická sestava obsahující počítač, motorizovaný mikroskop, programovatelnou kameru a příslušný software se pak nazývá obrazový cytometr. První obrazový cytometr jsme společně s kolegy z Biofyzikálního ústavu v Brně sestrojili zhruba před deseti lety. Od té doby postupně ještě další tři.

Co vás na vaší práci nejvíce baví?
Baví mě tvůrčí proces – člověk má jistou akademickou volnost se rozhodnout, co bude dělat. Sám ale toho neudělá tolik, jako když pracuje v týmu. Měl jsem to štěstí, že po ukončení doktorského studia mi FI nabídla možnost založení vlastní skupiny a vlastní laboratoře, čehož jsem využil.

Proč se tak akademicky úspěšný mladý člověk jako vy neodstěhuje do zahraničí a nerozvíjí se tam?
Popravdě řečeno, už jsem o odchodu několikrát vážně uvažoval. Pravidla hry v české vědě mě totiž občas přivádějí k zoufalství. Nicméně vždy se snažím sám sebe přesvědčit, že je to jen přechodná záležitost a brzy se to zlepší.
 
Proč jste tedy zůstal věrný Masarykově univerzitě?
Brno prochází po výzkumné stránce dost prudkým rozvojem a vize do budoucna nejsou vůbec špatné. Kampus se nyní dokončuje a připravuje se Středoevropský technologický institut. U obou těchto projektů jsem byl požádán, abych se zapojil do jejich přípravy a plánování. Souhlasil jsem a bral to jako poslání a příležitost být u toho, když se v Brně realizuje historicky největší rozvoj výzkumných kapacit. Celkově mi vždy přišlo škoda v této historické chvíli utíkat pryč.