Agenda výzkumných infrastruktur spadá do gesce Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy a zakotvena je i v zákoně. Ten infrastrukturu pro výzkum, vývoj a inovace vykládá jako „jedinečné výzkumné zařízení včetně jeho pořízení, souvisejících investic a zajištění jeho činnosti, které je nezbytné pro ucelenou výzkumnou a vývojovou činnost s vysokou finanční a technologickou náročností“
Výzkumné infrastruktury se přitom mohou nacházet na jediném místě nebo mohou být rozmístěné v rámci sítě – v tom případě se hovoří o infrastrukturách distribuovaných. Jejich ucelený přehled nabízí tzv. Roadmapa, dokument Evropského strategického fóra pro výzkumné infrastruktury. Obdobnou cestovní mapu zpracovalo také ministerstvo školství a Masarykova univerzita podle ní participuje celkem ve třinácti výzkumných infrastrukturách, ve čtyřech případech rovnou jako hostitelská instituce.
CEPLANT
Centrum výzkumu a vývoje plazmatu a nanotechnologických povrchových úprav stavějící na tradici základního i aplikovaného výzkumu v oblasti plazmatu. V minulosti byl CEPLANT zapojen například do vývoje ekologické úpravy papíru či skla a během pandemie covid-19 se fyzici z přírodovědecké fakulty podíleli na vylepšení filtračních vlastností nanovlákenných filtrů do ochranných roušek.
CIISB
Kapacity CEITECu jsou součástí České infrastruktury pro integrativní strukturní biologii a nabízejí vybavení, expertizu a přístup k nejmodernějším technologiím přípravy a charakterizace vzorků. CIISB tak je důležitou základnou biomedicínsky a biotechnologicky orientovaného výzkumu. Během pandemie covid-19 nabídla své vybavení a odborníky pro výzkum vakcíny, díky čemuž se podařilo popsat, jak se koronavirus maskuje v lidském těle před imunitním systémem. Nově byl předsedou CIISB jmenován strukturní virolog Pavel Plevka.
CZECRIN
Český národní uzel Evropské sítě infrastruktur klinického výzkumu je klíčovou výzkumnou infrastrukturou zaměřenou na klinický výzkum. Pod vedením MU ve spolupráci s Fakultní nemocnicí u sv. Anny v Brně vznikla expertní síť klinických center, jejíž prioritu představuje vývoj inovativních léčiv v oblastech onkologie, pediatrie a vzácných onemocnění.
RECETOX RI
Výzkumná infrastruktura zaměřená na oblast chemických látek, kontaminaci životního prostředí a s tím souvisejících environmentálních a zdravotních rizik. Svou interdisciplinaritou je v evropském kontextu unikátní a je součástí národních uzlů evropských infrastruktur, jako jsou ACTRIS nebo ELIXIR. RECETOX koordinuje také evropskou výzkumnou infrastrukturu EIRENE.