
Když nacisté v listopadu 1939 zavřeli české vysoké školy, nemohli se pedagogové většinou dál věnovat svojí vědecké práci. Část se jich zapojila do odboje. Ne však se zbraní v ruce. Většinou pomáhali zpravodajským službám. Dodávali informace o činnosti Němců na našem území, které pak pomáhaly třeba londýnské emigrační vládě. František Hejl v této souvislosti zmiňuje například skupinu kolem profesora Jana Uhra. „V květnu roku 1939 dochází k organizační výstavbě nejrozšířenější celostátní organizace vojenského odboje – Obrany národa. Ta měla vedle sekce vojenské mimo jiné i sekci civilní v čele s Janem Uhrem,“ přibližuje Hejl ve svém článku v Univerzitních novinách z roku 1995.
Hejl vyzdvihuje rovněž osobnost bývalého děkana lékařské fakulty Jana Floriana, člena odbojových organizací Politické ústředí nebo Petičního výboru věrni zůstaneme. „Jako jediný akademický funkcionář odsoudil uzavření českých vysokých škol, rozvinul činnost zpravodajské sítě na Zemském úřadě a podporoval také rodiny zatčených, vězněných a popravených či těch, kteří emigrovali,“ říká Hejl. Florian byl nakonec spolu s jinými brněnskými profesory Karlem Horou, Františkem Koláčkem a Mirkem Svozilem zastřelen 7. května 1942 v koncentračním táboře Mauthausen u Lince. Dnes je tam připomíná alespoň pamětní deska věnovaná popraveným a umučeným pracovníkům brněnských vysokých škol.

Profesor Filozofické fakulty MU Jan Uher stál v čele civilní sekce odbojové organizace Obrana národa. Foto: Archiv MU.
U těchto mužů však výčet odbojářů z řad pedagogů Masarykovy univerzity nekončí. Různými způsoby se jich nacistům snažilo vzdorovat mnohem víc. Informací o tom, jakým způsobem, však mnoho není. Ve všudypřítomné strachuplné atmosféře si každý dával velký pozor, aby ani nejbližší okolí nevědělo nic o jeho odbojové činnosti. Na druhou stranu se často stávalo, že do vězení a na popraviště se dostali i lidé nevinní, kteří se jen snažili válku přežít.
Stejně jako se často neví o konkrétní podobě boje proti nacismu, vyskytují se pochybnosti i kolem kolaborantů. Ti, kteří s Němci spolupracovali, byli za své jednání po válce souzeni jako například děkan právnické fakulty z prvních let okupace a zároveň člen Národní obce fašistické Rudolf Dominik. Je však i řada těch, které z kolaborace obviňovali neprávem.
V rámci poválečné očisty od nacismu musel před soud například profesor hygieny Josef Roček. Ten působil v Hygienickém ústavu, u něhož Nacisté uznávali, že pro ně může být užitečný. Proto mohl ústav fungovat i za války a Roček pracovat. „Zpráva z jeho vyšetřování nakonec konstatovala jeho nevinu a to, že příčinou jeho vyšetřování byla osobní zaujatost jeho spolupracovníků,“ konstatují v článku pro revue Universitas Jiří Pulec a Jiřina Kalendovská. Roček už se však závěru šetření nedožil, i kvůli duševnímu utrpení a pocitům křivdy zemřel na konci srpna 1946.
S obdobným osočováním se musel vyrovnávat i profesor gynekologie a porodnictví Otakar Bittman. „Zatčen, vězněn a suspendován byl kvůli obvinění, že za války přijímal na kliniku prominentní německé pacientky, mezi nimi i ženu Hitlerova osobního lékaře,“ píší Pulec a Kalendovská. Krátce po propuštění z vězení Bittman zemřel na infarkt. Až poté vyšlo najevo, že za války podporoval činnost několika partyzánských skupin a sám patřil do řad členů partyzánského oddílu Jermak Porošina.