
Po studiích se Weyr pracovně vrátil do Vídně, ale přitom se věnoval i vědecké práci a v roce 1908 úspěšně dokončil habilitační řízení. „Potom se ovšem musel rozhodnout mezi Prahou a Vídní. Jeho docentura mu totiž byla udělena jen s podmínkou, že se přestěhuje do Prahy,“ podotýká Večeřa. Weyr si vybral Prahu, ale brzy se stěhoval znovu, tentokrát do Brna. Od Karla Engliše dostal nabídku, aby se stal profesorem na české technice. „To, že dosáhl konečně postavení vysokoškolského profesora, ho velmi uspokojovalo. Od mládí ho považoval za svůj ideál,“ popisuje autor Weyrovy monografie Večeřa.
V jednom však nadanému muži nové místo úplně nevyhovovalo. Nechtěl být „jen“ učitelem práva. Podle Večeři cítil, že je stvořený spíš k vědeckému bádání: „K tomu mu brněnská technika nemohla poskytnout dobré podmínky. Později otevřená právnická fakulta na Masarykově univerzitě už ovšem ano.“
Po vzniku fakulty už se mohl konečně naplno zaměřit na svou novou koncepci právní vědy, normativní právní teorii, která se zformovala do podoby vědecké školy a byla označována i jako Brněnská škola právní teorie. Na právnické fakultě se sešla řada odborníků a v období první republiky získala skvělou pověst doma i v zahraničí.
Weyr se stal členem několika vědeckých organizací, začal vydávat mezinárodní časopis Revue Internationale de la Théorie du Droit psaný francouzsky a německy, ale zdaleka se nezabýval jen vědou. V letech 1923 a 1924 byl rektorem Masarykovy univerzity a angažoval se také v brněnském veřejném životě.
Šťastné období však rázně utnula nacistická okupace. Od jejího počátku se o něj zajímalo gestapo, na krátkou dobu skončil i ve vězení. „Weyrův právní pozitivismus, který říkal, že rozhodující je jen obsah právní normy, ale z pohledu právní vědy zcela vylučoval morální či politická hlediska, fašistům přirozeně ani trochu nevyhovoval,“ vysvětluje Miloš Večeřa.
Bohužel pro Weyra se jeho učení nezamlouvalo ani komunistům, a tak si poválečného návratu k pracovním povinnostem na právnické fakultě mohl užívat jen chvíli. V dubnu roku 1947 jej potěšilo jmenování čestným doktorem, ale to byla jedna z posledních událostí, která mu udělala radost. Pak se stal obětí komunistických čistek a z fakulty musel odejít. Až do své smrti v roce 1951 se už vědeckou prací, i kvůli špatnému zdravotnímu stavu, mohl zabývat jen ve své domácí pracovně.